1. SE1针对部门和小企业，SE针对中小企业和单位，EE针对大中型企业和单位。使用SE，就意味着用户不能使用功能强大的EE选件，EE选件可以实现高性能、高可用性、高扩展性、高安全性、高级管理功能、高级数据分析、内容管理、地理信息和数据库仓库高级ETL功能。EE还支持数据压缩(compression)，适合存储资源有限、I/O量大的数据仓库。
2. 10g SE集群(RAC)功能有限，最多扩展到4个处理器(processor)，不能使用集群文件系统(CFS)和第三方集群软件(如, Veritas)，而且对于存储只能使用ASM(Automatic Storage Management)，不易管理。EE没有上述限制。
3. EE支持自动故障诊断、自动调优、大规模数据库的真实压力测试、变更管理和配置管理，降低DBA的工作强度和人为错误概率，SE不具备此功能。
4. SE适合中小数据库，只支持全备份，不支持EE所具备的增量备份(incremental backup)，一个连续运行的大数据库每天做全备份是不可想像的。EE还支持并行备份/恢复，成倍提高速度，在有限的时间窗口里完成备份/恢复，而SE没有此功能。
5. 管理各类文件的内容管理功能，SE用户必须自己开发，EE支持内容管理功能，降低用户开发成本和风险。
6. SE没有容灾功能，EE有Data Guard容灾功能，能实现远程镜像。SE只支持单向复制(Basic Replication)，EE支持多主结点任意方向复制，EE可以向SE/SE1复制，但是SE/SE1不能向EE复制。
7. 如果从一个平台到另一个平台传输数据，SE只支持逐条记录导入、导出，比较慢。EE支持跨平台传输表空间(Transportable tablespaces)，像拷贝文件一样快；EE还支持数据仓库构建过程的数据质量控制。
8. SE对硬件资源的并行使用率很低，不具备并行查询/DML(Parallel Query/DML)、并行备份/恢复(Parallel backup and recovery)。如果在一个多CPU的机器上，使用SE，在同一时间做查询时只能用到一个CPU，而EE可以使用所有CPU，甚至把负载均衡(load balance)到其他服务器上，成倍提高执行速度。
9. SE必须关闭数据库才能实现重组和升级，而EE在线就能完成，消除了此计划停机成本；如果有异常停机，SE做不到快速恢复，而EE可以利用的闪回恢复(Flash Recovery)和块级介质恢复(Block-level media recovery)快速恢复，把异常停机损失降到最低。
10. 要实现加密、分级安全和内部监控，SE用户只能自己开发，缺点是容易被黑客绕过；EE在数据库内核实现相应安全功能，黑客无法绕过。